肛内尖锐湿疣难治，一方面，是因为引起尖锐湿疣的病原体是HPV，这种病毒喜好温暖潮湿的环境，而肛内非常适宜，处于恒温恒湿的状态，有利于HPV复制。即便是残存有少量的HPV，也很容易导致病情出现复发。另一方面，肛管内尖锐湿疣位于腔道内，病变处理起来相对困难，常规治疗方法给患者带来较大的痛苦，难以持续配合多次就医，容易半途而废，这两个是导致肛内尖锐湿疣不容易治好的主要原因。
肛内得了尖锐湿疣建议患者要通过更加温和的、痛苦更小的中医中药进行治疗，给药方式往往是口服结合泡洗，患者接受度更高。另外，中医中药自古讲究标本兼治，针对尖锐湿疣的治疗也是如此，能够逐步达到去除疣体和清除病毒之目的。如果患者是初发，可以避开痛苦大、易复发的方法，直接选择温和去根的中医中药进行根除。不过，在中医治疗过程中要严格忌口，定期复诊，以确保更快康复。