癫痫的手术治疗方式有切除致痫灶的手术、脑刺激手术，包括迷走神经刺激术、脑深部电刺激术、经颅直流电刺激等手术方式，还可以选择立体定向射频热凝毁损术，致痫灶所处的不同脑区，需要选择不同的手术方式，手术的预期效果，也与其精确定位有关。
因此，需要在术前进行全面的评估手术，切除癫痫病灶已被广泛接受并应用于临床，但是并非所有的致痫灶都适于切除，切除后带来的功能缺失等术后并发症，并不与预期效果对等。
尤其是位于皮质功能区的致痫灶，外科手术这一途径并不适用，并非所有的难治性癫痫患者，都能找到确切的致痫灶，或者部分患者存在多个致痫灶，手术治疗往往难以取得预期的效果。
对于这类患者，脑部刺激手术提供了一种新的辅助治疗手段，脑刺激手术包括迷走神经刺激术、脑部电刺激术、经颅直流电刺激等手术方式，立体定向射频热凝毁损术，破坏脑深部的优势放电的扳机点，破坏癫痫传导系统，阻断痫性波的传播，从而控制癫痫。
癫痫作为一种复杂的脑部慢性疾病，尽管手术治疗取得了理想的控制效果，但仍有一部分患者术后出现了癫痫再发作，因此术后正规合理的抗癫痫应用是必须的，但是盲目不合理的抗癫痫应用，不仅不能有效控制癫痫发作，反而会给患者带来伤害。