慢性萎缩性胃炎首先要进行根除幽门螺杆菌的治疗，再就是抑酸、保护胃黏膜、促进胃动力以及助消化等治疗。
建议萎缩性胃炎的患者进行幽门螺杆菌检测，如果幽门螺杆菌感染是阳性，要进行根除幽门螺杆菌的治疗，临床上首选质子泵抑制剂加两种抗生素。质子泵抑制剂有奥美拉唑、兰索拉唑、埃索美拉唑等，抗生素有阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、四环素、呋喃唑酮等。以上这些抗生素需要临床医师根据患者是否存在耐药选择其中的两个。
保护胃黏膜的药物有铝碳酸镁、硫糖铝、果胶铋以及复方谷氨酰胺颗粒等。大多数萎缩性胃炎患者，都存在腹胀的症状，建议给予莫沙必利或者伊托必利等促进胃动力的药物治疗。对于有食欲缺乏以及腹胀的患者，建议给予含有胃酶、胰酶等复合酶制剂。另外，建议萎缩性胃炎的患者，在治疗的同时常规一年复诊一次。