萎缩性胃炎的治疗，首先应该在明确的诊断之后再进行。萎缩性胃炎的诊断，应经过胃镜检查结合内镜下活检，送检病理。
如果病理检查中有萎缩，再结合内镜下的检查，才能做出萎缩性胃炎的诊断。同时送检病理的时候应该做幽门螺杆菌检测。经过上述的检查诊断存在萎缩性胃炎，可以进行如下治疗；
1、幽门螺杆菌治疗：首先如果幽门螺杆菌感染是阳性，应该进行根除幽门螺杆菌治疗，同时给予抑酸及保护胃黏膜等对症治疗。
2、促进胃动力和助消化治疗：另外，在临床上比较常见的是萎缩性胃炎的患者，多数伴有上腹胀，食欲缺乏等症状，可以给予促进胃动力和助消化治疗，服用含有胃酶、胰酶、肠酶等复合酶制剂。
3、饮食治疗：在药物治疗的同时，要注意饮食调理，不能吃辛辣刺激性食物，要戒烟戒酒，别吃过酸和过凉的食物，比如不能喝冰镇的啤酒、饮料等，要多吃新鲜的蔬菜、水果，以及富含蛋白质的食物。
另外，萎缩性胃炎的患者，要注意定期复诊，一般常规的是一年复查一次胃镜。