治疗溃疡性结肠炎的药物比较多。对于溃疡性结肠炎的治疗，一般分为活动期的治疗以及缓解期的治疗。
对于活动期的治疗又分为三种，第一种是轻度溃疡性结肠炎，然后是中度和重度。
对于轻度溃疡性结肠炎，一般首选氨基水杨酸制剂，包括传统的柳氮磺吡啶，分次口服，或者选用美沙拉嗪肠溶片，也是分次口服或者顿服。
如果病变位于远端的结肠，这时要选择柳氮磺吡啶或者是美沙拉嗪的栓剂，每天2次，纳肛，或者可以使用激素制剂，氢化可的松保留灌肠。
对于中度的溃疡性结肠炎患者，除了可以使用氨基水杨酸制剂、激素，还可以选择硫嘌呤类的药物，包括硫唑嘌呤片或巯嘌呤片，适用于激素无效，或者是对激素有依赖的患者。
对于重度的溃疡性结肠炎患者，也就是患者病情比较重、发展比较快，患者应积极入院治疗，在住院的期间，首选的治疗为激素，可以进行静脉用药，一般使用甲泼尼龙静脉滴注，每天用1次。同时会控制肠道的继发感染，一般应用左氧氟沙星联合甲硝唑，也是静脉应用。
如果使用激素7天仍然无效的患者，可以使用免疫抑制剂，如环孢素，也是静脉滴注。对于贫血和低蛋白血症的患者，要选择输血和输注白蛋白。
对于溃疡性结肠炎缓解期，一般使用的也是氨基水杨酸制剂，但维持治疗的量和控制发作期治疗量相比减少了一半。
硫唑嘌呤类的药物主要适用于激素依赖，或者对氨基水杨酸制剂不耐受的患者，硫唑嘌呤的剂量应该和活动期是一样的。
同时对于溃疡性结肠炎，应该定期进行结肠镜检查，监测是否有癌变，如果发现了重度异型的增生，经过确认，需要立即进行手术治疗。