矮小症的治疗方法，要根据病因来决定治疗方法，一般特发性的矮小症的治疗主要通过运动、饮食、睡眠，及注射生长激素来治疗。
特发性矮小症是由于腺垂体合成，和分泌生长激素部分或完全缺乏，或由于生长激素分子结构异常，导致生长发育障碍性疾病。会使身高处于同年龄、同性别正常健康儿童生长曲线，第三百分位以下，或低于平均水平-2个标准差，智力正常，伴有生长缓慢。每年生长速度<5cm，骨龄落后于实际年龄2岁或2岁以上。两种药物激发试验结果，提示生长激素峰值低于10μg/L，并且排除其他生长发育的疾病。
治疗上主要是配合皮下注射生长激素，促进生长激素分泌来增长身高，追赶身高达到同龄人的水平，一般要配合早睡，并且运动每天需要室外运动1h以上，可以做跳跃的运动，如跳高、跳远、跳绳。还可以给予饮食上的支持，要多吃瘦肉、鸡蛋、牛奶，牛奶最好1天1-2袋。