三个月没来月经，如果排除怀孕，确实需要去临床处理，长时间地不来月经可以导致子宫内膜发生病变，一般是指癌前病变或者内膜癌，因为内膜缺乏孕激素的保护，不能脱落，时间久了就会有发生病变的风险。
因此，偶尔一次三个月不来月经，一般不必特殊处理，但如果长时间出现此类症状，需要做人工周期，比如用孕激素治疗引起撤退性出血，或者雌激素加孕激素做人工周期，引起撤退性出血，可起到保护子宫内膜的作用。
首先三个月不来月经要积极寻求原因，明确是因为不排卵，还是因为卵巢功能出现衰竭。不排卵的原因有很多，像多囊卵巢综合征，是因为卵泡很多，但没有优势卵泡，而卵巢早衰就是卵巢功能衰竭，是因为随着年纪的增长，卵巢功能发生衰退，不能长出优势卵泡。
此外，三个月不来月经还可能是继发于内分泌疾病，比如高泌乳素血症或者甲状腺功能有异常，疾病本身也会对排卵也造成一定的影响。