艾滋病难以治愈的原因，主要是艾滋病病毒感染以后，病毒的基因组整合进入人体细胞核的基因组，很难从根源上把所有的艾滋病病毒从人体清除。
另外，艾滋病病毒很容易变异，主要是因为艾滋病在复制的时候容易出错，出现各种变异，导致耐药发生。而且目前的药物主要是抑制艾滋病病毒的复制，只能是针对释放到血液当中的病毒，起到抑制复制的作用，并不能进入细胞核内，从根源上把病毒从人体的病毒库中清除。
针对艾滋病的治疗，需要长期地应用抗病毒药物，一旦停用抗病毒药物，病毒就会重新复制。所以现阶段治疗的目标，就是最大限度、持久地抑制患者体内的病毒复制，使其获得免疫功能重建并维持免疫功能，同时降低HIV感染以及非艾滋病相关疾病的发病率。
目前在全世界范围内，缺乏根治HIV感染的有效药物。因此艾滋病患者不能停止应用抗病毒的药物进行治疗。