妇科滴虫病是一种性传播疾病，它的治疗需要全身用药，并避免阴道的冲洗，主要的治疗药物是硝基咪唑类药物，需要全身用药治疗，一般要选择甲硝唑或替硝唑口服，口服药物的治愈率能够达到90%以上。
女性患者在治疗的同时注意性伴侣的治疗，妇科滴虫病主要是由性行为传播，所以性伴侣应该同时进行治疗，并告知女性患者及性伴侣治愈前应避免无保护性生活。
由于妇科滴虫病复发率很高，所以在最初感染三个月内，需要进行追踪和复查，为了避免重复感染，对密切接触的用品，如内裤、毛巾等要建议高温消毒。对于妊娠合并妇科滴虫病的女性患者，因其可导致胎膜早破、早产及低出生体重儿，所以也必须要全身治疗，一般选择甲硝唑口服，但在应用前要取得患者和家属的知情同意。