如果扁桃体总发炎，这种情况临床上要考虑慢性扁桃体炎。引起慢性扁桃体炎的主要原因，可能与扁桃体的解剖结构有关。扁桃体组织含有很多的隐窝和皱褶，细菌或者病毒就容易在扁桃体隐窝里面滋生和残留。如果在第一次扁桃体发炎的时候，没有规范使用抗生素，没有足剂量、足够疗程地用药，没有将细菌彻底地杀灭，细菌就可能会在扁桃体窝里滋生和残留。
等到患者第二次免疫力下降，比如感冒受凉等情况下，就可能会引起扁桃体炎再次发作，从而出现咽喉疼痛、吞咽困难，甚至有发热的临床表现。如果病程比较长，可能会诱发免疫系统方面的疾病，比如慢性肾炎、心内膜炎、关节炎等。所以如果扁桃体发炎没有得到及时有效的治疗，就可能会发展成慢性扁桃体炎，迁延不愈，最终可能需要手术切除扁桃体，才能够治愈。