化脓性中耳炎在急性发作时，主要是抗生素治疗，在非急性发作时，除了抗生素保守治疗外，还有手术治疗。分泌性中耳炎需要保持咽鼓管通畅，缓解中耳压力，中耳炎这样治疗最快。
中耳炎的类型不同，治疗方案也不尽相同，化脓性中耳炎在急性发作时，主要以控制感染、通畅引流，改善咽鼓管功能，清除中耳积液为治疗目的，及早采用抗生素进行消炎治疗，通常选择青霉素以及头孢菌素类药物，同时还应该采用抗生素滴耳液外用，如氧氟沙星滴耳液等。此外应该注意休息，并保持耳部清洁卫生，避免脏水入耳，以免引发感染。
慢性化脓性中耳炎非急性发作时，除了药物保守治疗外，治疗的原则是清除病灶，重建听力、恢复中耳结构，治疗包括鼓膜修补、耳道后壁重建、听骨链重建、鼓室成形等。分泌性中耳炎患者，应该尽量保持咽鼓管通畅，避免用力擤鼻，可以采用盐酸羟甲唑啉喷雾剂外喷鼻腔，以改善咽鼓管通畅，缓解中耳压力减少耳内渗出，可以服黏液促排剂桉柠蒎肠溶胶囊，减轻耳胀、耳闷、听力下降等症状。