黄疸的药物治疗，主要包括中药制剂和西药制剂两种，中药主要有茵栀黄和清肝利胆口服液。有研究表明未达到光疗标准的患儿，单独使用茵栀黄口服液治疗可提高不需要光疗的概率，和降低光疗的概率。光疗联合茵栀黄治疗新生儿黄疸，可提高光疗后第3天和第5天的黄疸水平下降率。茵栀黄的主要不良反应为腹泻，建议服药期间观察大便性状，大便次数增加，大于5次/每天要停药或者减药。清肝利胆口服液能促进黄疸减退，但临床研究级别是低质量。
西药主要包括益生菌和苯巴比妥片，益生菌可以通过参与胆汁代谢，减少胆红素肠肝循环，促进胆红素转化和排泄，常用的益生菌，如枯草杆菌、二联活菌、布拉氏酵母菌，还有双歧杆菌都可以。新生儿肝酶活性低，苯巴比妥片有诱导酶活性的作用，而增强肝脏清除胆红素能力，使胆红素水平下降，但其有中枢神经抑制作用，会引起新生儿嗜睡反应差等不良反应，所以一般是不建议使用的。未到光疗线的新生儿黄疸，可以用口服药物治疗，但是已经达到光疗线的新生儿黄疸，需要及时住院治疗。