头孢拉定是临床上非常常用的口服抗菌药物，副作用轻微，常见的副作用包括消化道症状、过敏反应、菌群失调以及肝肾毒性。患者常有恶心、呕吐、腹痛、腹泻等消化道症状，一般症状轻微，不需要特殊处理，可以自行缓解。头孢拉定为头孢菌素，可以引起过敏反应，与青霉素有交叉过敏反应，可以出现皮疹，严重时可以出现喉头水肿以及过敏性休克。如果患者出现过敏反应，应该立即停用头孢拉定。
长期服用头孢拉定可以引起菌群失调、维生素K缺乏或二重感染。头孢拉定可以引起一定的肝肾损害，常常引起谷丙转氨酶、谷草转氨酶、谷氨酰转肽酶一过性升高，也可以引起尿素氮、肌酐一过性升高，停药后可以自行恢复正常。头孢拉定除了可以引起消化道症状、过敏反应、菌群失调以及肝肾毒性等常见的不良反应以外，还可以引起听力减退、精神异常、迟发性过敏反应，甚至出现排尿困难、药物性溶血、心律失常等少见不良反应。