在临床上，白介素-11应用之后，可以引起很多种副作用的发生。这些副作用主要表现为周身乏力、疼痛、寒战、腹痛、感染、恶心、便秘、消化不良、瘀斑、肌肉痛、骨痛、神经紧张和脱发等情况。大部分由白介素-11所引起的不良反应属于轻度到中度的不良反应，在停药之后，大多能迅速消失。
此外，应用白介素-11治疗的病人，还有可能出现弱视、感觉异常、脱水、皮肤褪色、表皮剥脱性皮炎，以及眼部出血等不良反应。极少数的病人在治疗期间可能会发生猝死的现象，这是严重的不良事件。化验指标的异常主要可以表现为血红蛋白浓度的降低，还包括白蛋白等，还有其他的血浆蛋白比如转铁蛋白和球蛋白浓度的降低，血钙的浓度也出现相应降低的情况。每天皮下注射白介素-11之后可能会引起血浆纤维蛋白原浓度升高，在停药之后这些化验指标大多会恢复正常。