一般来说，鉴别肠腺瘤和肠腺癌的主要依据，是需要病理组织学的诊断。肠腺瘤和肠腺癌在显微镜下的特点是明显不同的，其中肠腺瘤大多呈息肉状，隆起于肠黏膜的表面。腺瘤的腺体与其起源的腺体，不仅在形态上是相似的，而且常常具有一定的分泌功能，但是排列结构是不同的。
而肠腺癌中的管状腺癌，在显微镜下常常表现为癌细胞形成大小不等，形状不一，排列不规则的腺样结构，细胞常常不规则地排列成多层，细胞核大小不一，核分裂像比较多见。而肠道的黏液腺癌，常常表现为黏液聚集在癌细胞内，将细胞核挤向一侧，使细胞呈现印戒状，所以称为印戒细胞。黏液也可以堆积在腺腔内，并可以由于腺体的崩解而形成黏液湖，这个时候往往可以见到小堆或者散在的硬结状癌细胞漂浮在黏液和黏液湖当中。