霉菌性阴道炎的治疗方案主要是选择抗真菌药物，根据临床分类选择不同疗程。抗真菌药物又分为局部用药和全身用药两大类，其中局部用药包括咪康唑栓、克霉唑栓和制霉菌素栓，唑类药物的疗效相对来说要高于制霉菌素。对于单纯性霉菌性阴道炎，一般选择局部短疗程抗真菌药物，所以建议选择唑类抗真菌药物栓剂进行阴道填塞，一般用药2-3天，症状就可以缓解或者减轻，疗程为7-14天。
同时性伴侣要接受治疗，另外，在进行治疗的过程中要禁止性生活，并且消除诱因，将使用过的内衣、内裤、毛巾等进行开水烫洗。而对于复杂性的霉菌性阴道炎，大多数症状比较严重或者反复感染，治疗方法同单纯性霉菌性阴道炎用药，同时可以加用全身药物，包括氟康唑以及伊曲康唑等，两种药物的疗效相似。在进行复杂性霉菌性阴道炎的治疗时，局部用药和全身用药可以联合使用，并且需要延长治疗时间，能够达到彻底治愈的作用。