熬夜后肾疼的原因可能是和劳累、憋尿或者结石有关系。很多患者会诉说熬夜以后，出现肾疼的情况。肾脏是内脏器官，通常不会感觉到疼痛，只有肾脏的包膜受到牵拉，或者肾盂受到累及的时候，患者才会感觉到肾脏的疼痛。所以大多数的肾脏疼痛和肾脏没有关系，基本上都是因为肾脏局部的肌肉、关节或者筋膜的问题导致。
长期熬夜的患者，通常会伴随有腰肌劳损，或者是腰椎间盘突出，熬夜的过程中，往往会长期固定1个姿势，这种长期固定的姿势，就容易造成关节的损伤，或者是局部的肌肉紧张，这样就可能会导致局部的疼痛。这种疼痛感觉起来，就像是肾区的疼痛，有的人就会描述为肾痛。对于这种患者，一般给他局部的按摩，或者外用药膏以后，疼痛就可能会减轻。
第2个原因就是熬夜憋尿，熬夜的过程中，往往会出现长时间的憋尿，长时间的憋尿可能会造成输尿管的反流，从而导致患者出现肾积水，因为肾积水可以牵拉肾脏的包膜，从而导致患者出现肾区的疼痛。这种情况下一般要求患者尽量地不憋尿，达到减轻疼痛的目的。第3就是肾结石，由于熬夜的患者长期的保持坐位或者站位，就有可能会导致结石下行，结石的下 行中会出现疼痛。这个时候一般要求患者去做肾脏的超声来排查结石的问题。