强直性脊柱炎药物治疗主要分为三大类：
1、解热镇痛抗炎药：通过非甾体类抗炎药，对强直性脊柱炎的患者疗效良好，而经过非甾体类抗炎治疗无效者可能预后会不良，在临床试验经验表明，对于活动性强直性脊柱炎患者应该持续给予有效剂量的非甾体类抗炎药，以控制疼痛和晨僵，超过两年以上连续性治疗比较常规的按需给药，更能减缓仿生学的进展。
2、改善病情抗风湿药：常用的包括柳氮磺胺吡啶、甲氨蝶呤、来氟米特，沙利度胺等。柳氮磺胺吡啶可改善患者的外周关节症状，对脊柱痛无效；甲氨蝶呤、来氟米特对于强直性脊柱炎的外周关节炎有一定疗效，对仅有中轴受累的强直性脊柱炎疗效不佳；沙利度胺主要用于治疗麻风和血液系统肿瘤，临床中也可以用于治疗强直性脊柱炎。
3、生物制剂：按照目前的治疗指南，可用于的生物制剂包括肿瘤坏死因子-α抑制剂，白介素-17拮抗剂，还有一些口服蛋白酪氨酸激酶抑制剂，如托法替布，生物制剂能迅速控制关节滑膜炎症，延缓软骨颌骨的破坏，显著降低致残率，改善生活质量。