雷贝拉唑钠肠溶片的副作用需要引起重视，它常见的副作用包括腹胀、头晕、头痛、白细胞升高或减少、转氨酶升高等，偶见患者出现乏力、精神意识障碍、溶血性贫血，长期服用可能会造成萎缩性胃炎、胃息肉、腹泻、骨质疏松等不良反应。有报道显示此药有发生过敏性休克的副作用，因此若服药后发现身体严重不适，需要立即停用并进行妥善处理。对此药过敏者禁用，有过敏体质的患者慎用。
用药过程中需要定期进行血液检查，及血液生化学检查，如肝酶检查、血常规检查，发现指标出现异常时，需要停止用药，并进行及时处理。有肝功能损伤的患者慎用，孕妇及哺乳期妇女禁用。需要注意，此药是肠溶剂型，为保证剂型充分发挥作用，服用时不能咀嚼或者压碎服用，应整片服用。另外，此药应在早晨餐前服用，这样更有利于进行治疗。