葡萄球菌肺炎首选的药物包括青霉素类抗生素、苯唑西林、氨苄西林和阿莫西林，以及阿莫西林克拉维酸，或者是阿莫西林舒巴坦、头孢唑林、头孢拉定、头孢呋辛等头孢类抗生素。还可以选择克林霉素、红霉素、多西环素、头孢唑肟、头孢泊肟和头孢吡肟等，左氧氟沙星以及莫西沙星。如果是耐甲氧西林金葡菌，首选的药物可用万古霉素，以及利奈唑胺，去甲万古霉素和替考拉宁、替加环素，可作为次要的选择。
葡萄球菌性肺炎是一种革兰氏阳性球菌，一般绝大多数对于甲氧西林敏感，选择β-内酰胺类药物多数有效，仅有一些老年患者，以及长期卧床的患者，免疫功能低下或滥用抗生素，以及一些带有肿瘤和营养不良等患者，可能会出现耐甲氧西林金葡菌，治疗比较棘手。