甲硝唑片在妇科疾病中主要用于治疗女性的阴道炎，包括细菌性阴道病和滴虫性阴道炎，另外对于盆腔炎症的患者，也可以采用甲硝唑片联合其他的抗生素进行治疗，其中阴道炎最为常用。
对于滴虫性阴道炎，甲硝唑片一般是选择单次、大剂量口服，同时性伴侣也接受治疗，治愈率可以达到90%以上。甲硝唑片在使用的过程中需要注意药物的不良反应，由于治疗滴虫性阴道炎需要大剂量口服，所以会出现一些胃肠道反应，比如食欲减退、恶心、呕吐，甚至会出现头痛、皮疹、白细胞减少等，一旦发现应停药。治疗期间以及停药24h内禁止饮酒，因为容易与乙醇结合，出现皮肤潮红、呕吐、腹痛、腹泻等双硫仑样反应，并且甲硝唑片也容易通过乳汁排泄，在哺乳期的女性最好用药期间和用药后24小时内不要哺乳。
甲硝唑片对于细菌性阴道炎也有非常强的抗厌氧菌的作用，并且也不抑制乳酸杆菌的生长，是一种比较理想的治疗细菌性阴道病的药物，可以选择局部用药，也可以选择全身用药。两种用药方法疗效相似，治愈率都可以达到90%以上，疗程一般为1周左右。