肝内胆管结石可能引起的并发症较多，主要包括肝胆管狭窄、急性化脓性胆管炎，还可能会出现肝脓肿及支气管胆痿以及胆道出血等。
1、肝胆管狭窄：肝内胆管结石常导致胆管壁反复炎症损伤及修复，最终使胆管纤维化性狭窄。
2、急性化脓性胆管炎：肝内胆管结石并发炎症时，不论结石梗阻在何部位，皆可能出现毒血症和感染性休克，并可能导致肝、肾、肺、心、脑等多脏器功能衰竭。结石梗阻位置越高、累及胆管越少，中毒症状越轻，反之则越重。
3、肝脓肿及支气管胆瘘：在反复发作的急性化脓性胆管炎基础上可形成肝脓肿，脓肿还可以穿破膈肌至肺形成支气管胆瘘，患者常会出现咳嗽、咯痰症状，此时重症感染症状会有所减轻。
4、胆道出血：当反复炎症侵蚀导致胆管与相邻血管相通时可发生胆道出血，患者会出现周期性消化道出血、腹痛、发热等。
参考资料：陈雨强主编,胆囊炎与胆石症,中国医药科技出版社,2009.04,第117页