γ-谷酰转移酶存在于肾、胰、胆、脾、肠、脑、肺、骨骼肌、核心肌等组织当中，在肝内主要存在于肝细胞毛细胆管侧和整个胆管系统。部分经胆汁排泄，胚胎期肝细胞和新生儿肝细胞合成能力最佳，出生后肾脏合成能力大于肝脏，血清当中主要来源于肝胆系统，正常人肝脏合成量明显增高时，应该考虑是否有肝脏恶性肿瘤。
由于γ-谷酰转移酶在肝脏内主要存在于肝内胆管上皮和肝细胞浆中，肝外胆管和肝内梗阻之间会造成γ-谷酰转移酶排泄受阻，随胆汁反流入血，可以使谷氨酰转氨酶升高。除了肝脏疾病之外，体内如肾、肺、睾丸、心、脑、肌肉也可以含有γ-谷酰转移酶，因此肾盂肾炎、大叶性肺炎、乙型脑炎等也可以使谷氨酰转肽酶升高。药物过敏或者是妊娠中毒症、妊娠急性脂肪肝也可以使谷氨酰转肽酶升高。