肚脐眼里面长个黑色肉肉，可能是由于肚脐分泌物堆积导致，也可能是由于疖、皮脂腺囊肿、肉芽肿、脐疝、黑色素瘤等因素引起，要根据具体情况进行分析。
1、肚脐分泌物堆积：肚脐是一个凹陷、易积水的位置，正常情况下，肚脐会分泌少量分泌物，如果没有及时清理，可导致肚脐眼内污物越积越多，并随着氧化而形成黑色肉样的东西。一般不需要特殊处理，可遵医嘱应用聚维酮碘溶液擦洗肚脐，待疙瘩软化后将其去除。
2、疖：是人体皮肤单个毛囊或皮脂腺因细菌感染引起的急性化脓性感染，如果肚脐眼部位的某个毛囊被细菌感染，形成疖，可形成肿块，如果出现化脓的情况，在外观上看到的可能是突起且中央有点黑色坏死的组织，如果是已经形成的化脓破溃的疖，需通过手术治疗的方式切开病灶，引出脓液。
3、皮脂腺囊肿：是皮脂排泄受阻所形成的潴留性囊肿，如果囊肿出现在肚脐处，由于局部皮脂腺分泌物无法正常排出，可能会导致出现凸起的肉球，肿物中心部位可能会有针头大脐孔凹样开口，多呈蓝黑色，主要治疗方法是手术切除。
4、肉芽肿：可能是由细菌、真菌等感染所引起的炎症，由于局部炎症刺激，可能会造成组织增生过度，导致肚脐里出现黑色肉疙瘩，还会出现局部的红肿、疼痛。可以在医生指导下服用阿莫西林胶囊、阿奇霉素颗粒等药物，或外涂红霉素软膏等药物促进炎症消退。
5、脐疝：是指腹腔内容物由脐部薄弱区突出的腹外疝，如果脐疝发生嵌顿，可能会导致肠管出现缺血、坏死，导致局部皮肤颜色变得发紫、发黑，可以进行手术治疗，即切开脐部及疝囊，回纳疝内容物，切除多余的腹膜并对合，缝合腹直肌前后鞘以闭合缺损。
6、黑色素瘤：是黑色素细胞来源的一种高度恶性的肿瘤，早期多为黑色素痣，逐渐发展为斑块、硬结，从而导致肚脐出现黑色肉球。确诊后可在医生操作下行手术治疗，如黑色素瘤切除术等，后期可遵医嘱进行化疗，化疗药物包括注射用达卡巴嗪、注射用福莫司汀等。
除了上述因素外，还可见于软纤维瘤等，是纤维组织的赘生物，治疗以在一般操作下进行激光治疗为主，也可采用液氮冷冻、电烧、电离子等治疗方法。