通常情况下，产前超声检查怀疑异常但不能明确者，可以行胎儿MRI。对于丧失系统超声筛查机会的晚孕期胎儿特定部位畸形的筛查，也可以进行MRI检查。对于有畸形胎儿生育史的中晚孕期孕妇针对某器官的筛查，也可以进行MRI检查。
选择MRI检查的时机需要平衡各方面的因素，既要考虑到较小孕周时可能影响早期诊断，又要权衡较大孕周时胎儿的组织分辨率较高，还要考虑不同疾病的特点。胎儿的一些器官和神经系统结构发育较晚，例如小脑蚓部在妊娠19周后才完全形成，胼胝体于妊娠20周后才发育完全，这些结构的相关畸形只能在中晚孕期被发现。因此，胎儿MRI检查时机建议在20孕周及以后，一般不建议在妊娠18周之前进行MRI检查。
特殊情况下，若在中孕期系统性超声发现胎儿严重畸形，可能需要终止妊娠。建议提前做MRI检查帮助确认超声检查结果，可能获取超声之外的更多信息，建议遵医嘱进行。