甲硝唑氯己定洗剂适用于细菌、滴虫引起的各种阴道炎，对于霉菌引起的阴道炎没有作用。霉菌性阴道炎患者，即外阴阴道假丝酵母菌病患者可以遵医嘱使用克霉唑阴道片、硝酸咪康唑乳膏等唑类抗真菌药物来抑制致病菌生长，或使用偏碱性的洗剂或中成药洗剂来改善疾病。
外阴阴道假丝酵母菌病属于条件致病菌感染，是正常阴道内的菌群之一，阴道内环境稳定时不会致病。假丝酵母菌在酸性环境适宜生长，所以需要应用偏碱性的洗剂，如碳酸氢钠溶液。此外，也可以用中成药洗剂，如红核洗液、复方苦参洗剂，可以起到清热、除湿的效果。如果外阴阴道假丝酵母菌病用甲硝唑氯己定洗剂治疗，反而会容易加重菌群失调。
需要注意的是，正常阴道内微生物聚集，形成阴道正常的微生物群，这些细菌可以处于生态平衡，所以并不发病，如果阴道内环境发生改变如过度进行阴道冲洗，可导致阴道pH值发生改变，易患外阴阴道假丝酵母菌病。因此，建议平时每日用温水洗外阴一次即可。