吞咽不舒服可能是由于多种因素引起，比较常见的疾病包括急、慢性咽喉炎，反流性食管炎、甲状腺结节等疾病所致，需要积极就诊，明确病因后再进行积极的治疗。
1、急、慢性咽喉炎：由于长期抽烟、喝酒或经常进食辛辣刺激食物，引起咽喉部位黏膜充血水肿，以及伴随咽喉异物感、吞咽疼痛感等炎症性表现，有时还会伴有慢性咳嗽等症状。可以遵医嘱口服头孢克洛、头孢拉定、阿奇霉素等药物治疗，促进炎症消退，也可用复方氯己定含漱液、复方硼砂溶液漱口，从而改善症状；
2、反流性食管炎：由于食管括约肌抗反流能力下降以及胃排空延迟所致，主要症状可表现为烧心、反酸、咽部灼烧感等，进食时可能会刺激咽部，引起咽部疼痛不舒服等症状。需要遵医嘱口服奥美拉唑、西咪替丁等抑制胃酸治疗，同时多喝温水稀释胃酸，缓解咽部疼痛；
3、甲状腺结节：通常是由于遗传或经常接触放射线等因素所致，甲状腺结节发展到较大的程度时，便会压迫食管等部位，所以会出现吞咽不舒服的症状，如果结节比较严重，可能需要采取手术切除。
除了以上因素外，可能是存在咽部乳头状瘤或扁桃体 息肉等，也会表现为吞咽不舒服，进食时还会伴随哽噎感，一般也需要通过手术进行切除。