男性HPV56阳性说明感染了HPV56，如果表现出临床症状则需要治疗，但绝大多数男性HPV56阳性无临床症状，可自愈，不需治疗。少数男性HPV56持续阳性，但无临床症状，也应进行治疗。
1、不需治疗：男性感染HPV后，如果自身抵抗力较强，可清除HPV，包括高危型HPV56和一些低危型HPV，大多数HPV感染为一过性且无临床症状，对于此类感染的男性不需治疗，可自愈；
2、需要治疗：单纯的HPV56阳性一般不会表现出疣体症状，但此类男性如果核酸检测大于参考值，具有传染性，可通过性接触等传给女性，因此建议使用抗病毒类药物治疗，如干扰素。很多男性感染者为混合型感染，即感染的不仅仅是一种HPV型别，除HPV56外还有其他型别的HPV，如低危型HPV6或HPV11，可能会出现生殖道尖锐湿疣，此时需要进行治疗。目前的治疗方式有激光、冷冻等物理去除方法，也可通过外用药物，如咪喹莫特乳膏等进行治疗。对于合并其他高危型HPV感染者，如HPV16或HPV18，男性有发展成阴茎癌、膀胱癌的可能，所以也应进行治疗，主要以干扰素等抗病毒药物为主。