HPV转阴了低度病变不一定会消失。HPV转阴仅代表患者机体曾经存在HPV感染，与低度病变没有关联，低度病变仍有可能存在，患者应在医生的指导下进行积极治疗。
HPV转阴，部分患者的低度病变可能得到逆转，转变成正常的宫颈上皮结构，但也可能持续保持在低度病变的情况，还可能出现低度病变进展，发展为宫颈上皮内高度病变，或宫颈浸润癌。临床中，如果女性在检查中有肉眼可见的病灶，如果病灶较小，可以采用物理治疗的方法，如使用冷冻的方法。如果病灶范围较大，也可以采用手术切除的方式治疗，同时需进一步进行病理检查，排除存在其他病变的可能，因为低度病变可以单独存在，也可以和高度病变同时存在。
患者在治疗期间应注意多休息，避免过度劳累，还要禁止盆浴，避免进行性生活，注意外阴部位清洁、干燥。此外，应注意避免进食辛辣、刺激、生冷的食物。女性在适龄期间，建议进行HPV疫苗接种，以预防感染。