慢性肠炎一般不会发展成肠癌，目前并没有医学证明慢性肠炎和肠癌的发病有直接的联系。但是慢性肠炎患者在患病后，如果没有积极对疾病进行治疗和护理，导致肠黏膜反复受到刺激和伤害，就有可能引起癌变，从而诱发肠癌。
患有慢性肠炎的患者，应积极配合治疗。因该疾病具有病情反复发作的特征，会引起腹泻、腹痛以及恶心等胃肠道不适症状。抗菌治疗以及对症治疗是目前应对慢性肠炎的主要治疗方式，因此若为细菌或真菌感染而患该病的患者，可以根据病原体使用针对性的抗菌药物。如由于细菌感染所引起的慢性肠炎，可以使用抗炎类药物以及抗生素进行治疗，而由真菌感染所引起的慢性肠炎，可以使用两性霉素B以及制霉菌素等。另外腹泻严重的患者，专业医生会给予蒙脱石散等药物进行对症治疗。绝大多数慢性肠炎患者在配合专业医生进行抗菌治疗以及对症支持治疗后，都可以达到治愈疾病的目的。
除上述治疗外，慢性肠炎的患者还需养成良好的饮食习惯，避免进食辣椒、大蒜等辛辣刺激的食物，同时也需忌烟酒等，保持适当运动，保证充足的睡眠来帮助疾病的治愈，预防并发症的发生。