怀孕时查免疫功能全套，是为了能够及时发现部分高危妊娠因素，比如梅毒、肝炎、TORCH综合征、艾滋病等疾病，并积极采取措施进行有效控制，可在一定程度上保障孕妇和胎儿的健康与安全。
免疫功能检查是通过抽取孕妇的空腹静脉血液样本备用，采用酶联免疫法进行吸附试验，对HIV、肝炎病毒等病毒感染进行诊断的方法。梅毒检测采用快速血浆反应素环状卡片试验等方法进行检测，梅毒、艾滋病等免疫疾病对孕妇、胎儿的危害较大。如果孕妇感染梅毒病毒，就可能会导致早产、流产、死胎等严重情况的发生。孕妇感染艾滋病毒后，会通过母婴传播传染给胎儿，从而加大胎儿畸形等情况发生的概率，且临床没有有效治疗艾滋病的方法。因此孕期免疫功能检查可以预防和控制高危妊娠，并及时采取措施治疗，建议遵医嘱进行检查。
此外怀孕查免疫功能全套，还会查是否有抗子宫内膜抗体、抗精子抗体、抗卵巢抗体等抗体阳性的情况。如果这些抗体为阳性，则会影响受精卵的形成，还可能导致孕妇机体对胎儿产生排斥反应，进而造成流产等情况。