肠胃炎即胃肠炎，奥美拉唑肠溶胶囊属于质子泵抑制剂，可有效抑制胃壁细胞中质子泵的运转，以减少胃酸的分泌量。胃肠炎发病期间，医生多会建议服用奥美拉唑肠溶胶囊，进行对因治疗。
胃肠炎的发生与细菌、病毒等病原体侵入到胃肠道内，导致胃肠道黏膜不同程度受损有关，是临床上常见的一种消化系统感染性疾病。因为奥美拉唑肠溶胶囊可有效抑制胃酸的分泌，降低胃内容物中的酸性度，减轻胃酸对于受损胃黏膜的刺激，有助于缓解患者胃痛、胃胀、烧心、反酸，以及恶心、呕吐等胃部不适表现。因此，胃肠炎发病期间可以服用奥美拉唑肠溶胶囊进行对因治疗。
除了奥美拉唑肠溶胶囊以外，患者还可在医生指导下服用其他抑酸剂药物进行对因治疗，比如西咪替丁片、盐酸雷尼替丁胶囊等H2受体拮抗剂，以及泮托拉唑钠肠溶片、雷贝拉唑钠肠溶胶囊等质子泵抑制剂。
奥美拉唑肠溶胶囊并不是用于治疗胃肠炎的主要对因药物，因胃肠炎与病原体感染有关。所以患者还需积极按医嘱服用诺氟沙星胶囊、头孢克肟分散片等广谱抗生素类药物，进行抗感染治疗。