引起甲状腺囊肿的原因有很多，大致有以下几个方面：
1、可能与不良的生活方式和饮食习惯有关，比如患者经常吸烟、饮酒、过度的应酬、熬夜工作，以及其它不健康的饮食习惯，包括暴饮暴食，经常吃油腻的食物以及其它不健康的食品等；
2、甲状腺囊肿的发生也与情绪有关，在中医理论当中甲状腺囊肿发生的原因主要是因为肝郁化火，导致肝郁气滞，从而出现痰瘀互结、气血运行不畅，而形成气滞血瘀、痰凝于颈前，从而发生甲状腺囊肿；
3、也可能是因为缺碘所导致的甲状腺囊肿，碘元素是甲状腺必不可少的一种物质，如果缺乏，可能会导致甲状腺肿以及甲状腺其它一系列的问题，而甲状腺囊肿与碘的缺乏也有密切的关系，所以碘缺乏也会导致甲状腺囊肿。