1、肉眼观多形性腺瘤大小自数毫米直径至十几厘米不等。肿瘤多呈圆形或卵圆形，表面光滑，或呈分叶或结节状。肿瘤可有结缔组织包膜包绕，但厚薄不一。在同一肿瘤的不同区域，厚薄亦可不同。有的包膜不完整，肿瘤与周围正常组织相连。剖面根据肿瘤细胞结构不同，可有不同表现：上皮细胞成分较多时，呈实质性，灰白色，质地较硬。黏液样组织丰富时，质地较软，并有许多黏液。软骨样组织较多时，呈浅蓝色，半透明，质地较硬。有时可见大小不一的囊腔，内含无色透明或褐色液体，偶见小片区域出血。肿瘤的包膜与瘤体之间黏着性较差，极易剥脱。采用剜除术时，极易将剥脱的包膜遗留在术区，造成术后复发。复发性肿瘤常呈多灶性，肿瘤体积及数量很不一致，小的仅粟粒大小，可多达数十、上百个。
2、光镜所见多形性腺瘤的组织结构复杂，同一肿瘤的不同部位，或各个多形性腺瘤之间均有不同的组织像。但构成多形性腺瘤的主要成分为腺上皮细胞、肌上皮细胞、黏液、黏液样组织及软骨样组织，这些组织形成导管样结构、黏液样组织及软骨样组织、肌上皮片块等基本结构，有时可见鳞状化生。根据上皮细胞和基质所占的比例，可以分为细胞丰富型及间质丰富型。一般而言，细胞丰富型易于发生恶变，几乎一半以上癌在多形性腺瘤中的病例来自细胞丰富型多形性腺瘤。因此，对于此型肿瘤，特别是年龄较大的患者，应警惕恶变的可能。相反，间质丰富型较易复发。
3、免疫组织化学和电镜检查在阐明多形性腺瘤的组织发生上有很大意义，特别是确认肌上皮细胞及其作用，但在一般常规诊断上则非必需。多形性腺瘤在免疫组织化学染色中可以呈现细胞角蛋白、S-100蛋白、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、肌动蛋白(actin)、波形蛋白(vimentin)、上皮膜抗原(EMA)、癌胚抗原(CEA)等均呈阳性反应。王洁等对多形性腺瘤中肌上皮细胞的免疫电镜研究观察表明，在上皮区内被标记的肿瘤性肌上皮细胞为矮立方形、梭形或多边形。胞核椭圆形，有凹陷或切迹，核膜较厚，核仁明显。细胞质内有丰富的游离核糖体、较多的粗面内质网和线粒体。这些细胞位于导管周围或成片存在，彼此间或与腺上皮间以桥粒相连。在黏液样区域被标记的肿瘤性肌上皮细胞排列稀疏，呈三角形、星形或多边形，胞核不规则，核膜较厚，核仁明显，细胞质多突起，突起间彼此以桥粒相连。王洁等明确认为肿瘤性肌上皮细胞是多形性腺瘤主要增生的肿瘤细胞，黏液样区域部分肿瘤性肌上皮细胞细胞质中富含胶质纤维蛋白和波形蛋白中间丝，具有早期软骨样细胞改变。因此，肌上皮细胞在多形性腺瘤的组织发生中起重要作用。