骶尾部藏毛窦的形成主要原因并不明确，目前认为该疾病原因可分为先天因素与后天获得。先天性皮肤凹陷等情况可造成此病的发生；后天臀部经常受到刺激，毛发尖端在附近刺入皮肤，形成短管道，而毛发仍然与其根部相连，短管道随即皮化，当毛发由原来的毛囊脱落后，被皮化短管道产生的引力吸入而形成。
一、主要病因
1、先天因素：骶尾部藏毛窦可能是先天性上皮组织残留，或者先天性皮肤凹陷所致。还可能为骶尾区中央缝畸形发育，导致形成囊肿，从而造成该疾病的发生。
2、后天因素：本病还可能是后天形成，而非先天性疾病，广泛手术切除后，藏毛疾病复发的倾向支持了这一理论。除臀沟以外的地方(如脐、头皮、指间间隙以及乳房之间)偶发的藏毛囊肿也支持后天形成理论。在毛发可能造成局部损害的部位，例如理发师、剪羊毛人和狗美容师的手上，也会发生藏毛窦。
二、诱发因素
超重、肥胖、局部创伤或刺激、习惯久坐的生活方式、臀沟较深的人群易患该病。