精子有褐色杂质通常指精液中有褐色杂质，可能的原因是生殖道感染导致的炎性物质，也可能是外伤所形成的褐色血凝块。精液是由精子和精浆组成，精子在睾丸中产生，精浆是由睾丸附睾分泌的液体、精囊分泌的液体、前列腺分泌的液体等组成的混合液。
1、生殖道感染：生殖道感染常见的原因是细菌感染，也可能是支原体或衣原体感染，感染的部位包括睾丸、附睾、精囊、前列腺等，可以导致分泌褐色的炎性物质，可导致精液中有褐色杂质，可能会伴有尿频、尿急、尿不尽、会阴部胀痛、睾丸附睾肿痛等症状。通过血尿常规、彩超检查基本可以确诊，一般需要使用抗生素进行治疗，比如头孢克肟、左氧氟沙星、罗红霉素、阿奇霉素等；
2、外伤：如果因为外伤原因导致睾丸血管破裂，则可导致精液带血，也可能会导致精液中有褐色杂质，褐色的杂质是血凝块。一般可能会伴有射精疼痛等症状，也可能会出现尿频、尿急、尿不尽等症状。在治疗上，一般需要进行抗炎治疗，比如使用头孢克肟、左氧氟沙星等药物，如果保守治疗无效，则建议进行手术治疗。