血栓对机体的不利影响是可以导致血管堵塞，以及血管发生栓塞或者心脏瓣膜变形，严重的时候还可以引起身体内的广泛出血。有一部分血栓形成，能够对破裂口有修补的作用，比如胃和十二指肠球部的溃疡，当血栓形成之后，可以阻止溃疡逐步的发展。
血栓形成由于部位对人体的影响是不同的，如果血栓发生在脑血管，病人可以出现神经功能缺损的症状。如果血栓形成在心脏脱落之后，病人可以发生脑栓塞，当心脏瓣膜的血栓形成，可以导致心脏瓣膜的变形，严重的时候可以出现狭窄和关闭不全。最严重的时候，当血栓形成之后，由于体内微循环内广泛的血栓形成，会影响到凝血功能，病人可以出现全身弥漫性的凝血障碍。