脑囊虫病的治疗方式有：
1、药物治疗，首选吡喹酮，吡喹酮是一种广谱的抗蠕虫药，对囊虫的效果良好，该药的副作用小，患者多能耐受。其他还有丙硫咪唑、甲苯咪唑，一般服用该类药物后，脑囊虫可出现肿胀、变性、坏死，导致周围的脑组织炎症反应及过敏反应，患者可出现不同程度的脑水肿。因此，在用药过程中一般从小剂量开始，逐渐加量，如果出现颅内压增高的症状，要及时应用脱水药物，并酌情使用小剂量激素。
2、有手术指征者行手术治疗。
3、驱虫治疗，如果肠道仍有绦虫寄生者，为防止自身的再次感染，要驱虫治疗，首选的药物是灭绦灵。