通常Y染色体异常无法进行治疗，属于先天性疾病，Y染色体微缺失可能会影响男性生育能力。临床常见Y染色体A区、B区、C区缺失，会影响睾丸神经功能，导致无精子症或者重度少精子症，进而影响男性正常生育功能，但对于男性其他部位健康、性功能不会造成影响。对于有生育要求患者，需要通过试管婴儿或者其他辅助生殖方式获得后代。
如果患者存在Y染色体微缺失导致无精子症，此时需要通过手术方式寻找精子，再进行试管婴儿。如果发生Y染色体A区、B区缺失，则找到精子概率较低，不建议进行手术，此时可以通过精子库供精获得后代。如果为Y染色体C区缺失，可以通过睾丸显微取精方式寻找精子。通常Y染色体微缺失，不建议使用药物治疗，因药物治疗无效，无法通过药物改变染色体缺失情况，同时也无法改善睾丸神经功能。