结肠炎是指各种原因引起的结肠炎症性病变，可能是由细菌、真菌、病毒、寄生虫，还有变态反应、理化因子引起。所以根据不同的病因，临床上的治疗方法也不相同，但是原则上讲求尽早控制疾病的症状，促进缓解，维持治疗，防止复发，严格掌握手术治疗的时机，也就是手术指征。
在日常生活中结肠炎的患者要注意休息，防止过劳，进食高营养、易消化的食物，低脂、低渣的食物，如果重症患者伴有巨结肠或肠瘘形成，应该禁食，给予肠外、全肠外营养。
药物治疗常用的氨基水杨酸类，比如柳氮磺吡啶，适用于轻、中度的溃结，间歇期预防复发，用量根据患者的不同剂量，严格的按医嘱服用。服用要严格注意磺胺类过敏的患者不能使用，因为此药有肝肾毒性，连续使用三个月建议复查肝功、肾功，还有酮类的比如美沙拉嗪、奥沙拉嗪，这些都是酮类的药物，副作用稍低。糖皮质激素类，常用的药物比如强的松、强的松龙，也是抑制溃疡性结肠炎急性活动期炎症有效的药物。
如果进一步严重，比如合并大出血、肠穿孔或即将穿孔、中毒性结肠炎，这种情况应选择手术治疗。