儿童得了尿道炎要选择一些敏感的抗生素进行治疗，常用治疗儿童尿道炎的抗生素包括阿莫西林或者头孢菌素类的药物等，对儿童都是相对比较安全的。如果考虑可能有衣原体、支原体或者其他病原体感染导致的尿道炎，还要选用类似阿奇霉素等药物来进行治疗，必要时先进行尿常规和尿培养的检查，明确感染的病原体类型，进行药敏试验选择敏感的抗生素治疗。
要注意儿童尿道炎的治疗一定不能选用左氧氟沙星、诺氟沙星等喹诺酮类的抗生素，因为喹诺酮类抗生素有可能会影响到儿童的生长发育，所以对于儿童尿路感染、喹诺酮类抗生素时绝对禁忌的。临床要鼓励儿童多饮水、多排尿，这将有助于年龄感染的恢复。