肛门脓肿手术费用一般取决于以下几个因素：脓肿复杂严重程度，手术方式，麻醉方式，就诊医院收费等级等。所以不能一概而论，而是要咨询你就诊的医师。
一般情况下，如果是要做肛周脓肿的手术，可能手术的花费一般是在1000元左右，主要是看肛周脓肿的愈合时间，因为在肛周脓肿治疗的过程当中，可能除了手术之外要多次的换药。
如果是肛周脓肿的个数比较多，而且空洞比较大，长出新肉芽的时间就会比较长，相对来说住院的时间也会适当的延长，而且一般情况下在做完手术之后每隔1-2天都是需要重新换药的，相对的花费可能就要高一些。建议可以在手术之前在资金的准备上，要准备3000-5000元，以备不时之需。