大便酸臭的原因主要有以下几个方面：
1、饮食的因素，如长期或过多地食入辛辣、刺激、油炸、烧烤、高脂、高糖，以及高蛋白内质类的食物。由于大便在肠道中，经细菌分解产生较多的氨性的物质，使排出时产生较剧烈的臭味。
2、便秘，由于便秘时大便在肠道中停留的时间过长，大便在细菌的分解下，以及大便在肠道中淤结，从而使排出的大便产生较明显的异味。4、肠道的恶性肿瘤，肠道恶性肿瘤在其体积较大时，会造成肠道的完全或不完全的梗阻，从而使大便在肠道中停留时间过长，细菌分解引起大便的臭味较重。
3、肠道的炎症以及肠道的炎性疾病，如各种原因引起的肠炎、胃炎，以及克隆氏病、溃疡性结肠炎等，均可使肠道的菌群发生失调，从而使吸收功能发生异常，引起肠道内的食物分解不完全，排出时产生较严重的臭味。