对于临床上新生儿高胆汁酸血症，首先应当进一步完善相关检查，如肝脏彩超、肝功能以及病毒相关检查等，明确病因。对于病毒性肝炎，还应当尽量明确具体病毒的类型，采取相应的治疗。例如对于巨细胞病毒感染所造成的高胆汁酸血症，可以考虑给予更昔洛韦进行抗病毒治疗。
如果是由于长期静脉营养所造成的高胆汁酸血症，应当逐渐减少静脉营养的用量，采取鼻空肠管滴入肠内营养乳剂来逐渐地进行代替。还可以运用利胆减黄的药物进行处理，根据患儿情况可应用人血白蛋白、支链氨基酸以及还原性谷胱甘肽等来进一步治疗高胆汁酸血症。
而对于临床上由于先天性胆道闭锁所造成的高胆汁酸血症，需到儿童外科就诊，可以通过手术来进一步处理以及是否根据情况判定是否需要进行肝移植。