肺移植指的是肺移植手术，肺移植手术难主要是因为手术操作困难、患者体质因素及手术时机难把握、移植供体短缺、供体的缺血时间要求短、术后感染、术后排异等。
1、手术操作困难：肺移植手术难度高，是最难的器官移植手术之一。
2、患者体质因素及手术时机难把握：拟接受手术的患者体质比较差，特别是肺纤维化，间质性肺炎或者肺动脉高压的患者，终末期肺病患者，缺乏有效的肺部替代治疗，一旦突然发生急性加重，可能需要气管插管，上呼吸机，甚至上ECMO进行抢救，如果效果不佳，可能1-2周内会失去生命。
若患者前期没有进入手术等待队列，或者虽然进入等待队列，但没有等到供体，有可能错过肺移植的时机。此外，很多患者都是到疾病非常晚期才考虑肺移植手术，容易错过手术的最佳时机。
3、移植供体短缺：脏器极度短缺已成为制约器官移植发展的主要问题，相对于其他器官，肺组织更易受损伤，在外伤等原因致死的患者中，常伴误吸、感染、肺挫伤、急性呼吸窘迫综合征等损害。
4、供体的缺血时间要求短：供体在移植前维护过程中，要求较高，与其他移植器官的维护策略有一定偏差。肺移植手术的供体缺血时间要求更短，只有6个小时，较长的缺血时间将会导致供肺质量下降，进而影响手术效果。
5、术后感染：肺移植后，供体肺与大气直接相通，外界的微生物以及供体肺本身定植的微生物，造成移植肺的感染概率增加，同时由于免疫抑制剂的应用，也增加肺部感染的风险，包括肺部细菌感染、真菌感染等。
6、术后排异：指人体对于供体，产生的一种针对移植物攻击、破坏和清除的免疫学反应，肺移植的排斥反应通常包括急性排斥反应和慢性排斥反应两种，通常在术后前3个月至少会有3次急性排斥反应。大部分患者都会存在慢性排斥反应，轻度的慢性排斥反应对患者生活不会有损害，而重度的术后排异需要再次进行肺移植手术。
除上述因素外，受体患者经济条件有限、供体转运困难等也会导致肺移植手术困难。建议手术后的患者，伤口护理、运动、饮食等方面严格按照医生指导进行，降低出现并发症的发生概率。