临床中巧克力囊肿的复发率较高，通常在20％-30％，部分患者可能在50％左右。需要做好日常护理，尽可能减少疾病复发概率。
1、20％-30％：巧克力囊肿发现后及时治疗可以去除病灶，完全缓解症状，治疗效果好，但容易复发，需要长期管理。育龄期女性巧克力囊肿术后复发率较高，可能达到20％-30％，有生育要求，在术后治疗结束半年内是最佳受孕时期。
2、50％左右：部分患者在治疗期间经常进食辛辣、油腻食物，或是没有做好日常护理，如经期性生活、剧烈运动等，复发概率会增加至50%左右。
巧克力囊肿的病因较为复杂，可能与经血逆流、体腔上皮化生、遗传因素、免疫因素等有关，患者会出现下腹痛、痛经、月经异常、不孕等症状。可遵医嘱使用醋酸甲地孕酮分散片、地屈孕酮片、醋酸戈舍瑞林缓释植入剂等药物进行治疗，或是进行手术切除治疗，缓解不适症状。