巴氏腺囊肿造口手术在临床上没有弊只有利，因为巴氏腺造口手术既保留了腺体的功能，又达到了治疗的目的，在外观上对外阴局部不会造成相应的影响，所以只有好处没有坏处。出现巴氏腺囊肿的时候如果是小的囊肿，对性生活、日常生活不会造成影响又没有疼痛，不用做手术给予治疗，保持外阴局部清洁就可以。
如果囊肿相对比较大建议做开窗手术，这种开窗手术也是造口手术，不像其他的手术把腺体摘除，这样就会失去腺体的功能，因为巴氏腺在性活动的过程中会分泌大量的分泌物起到润滑的作用，如果摘除这种功能就会消失，所以巴氏腺造口手术只有利没有弊。