存在卵巢巧克力囊肿，如果囊肿的直径比较小，小于3cm，而且临床症状比较轻，只是轻度的腹痛，这种情况可以正常的备孕，因为卵巢巧克力囊肿体积比较小，对卵巢功能的影响相对比较小，基本排卵是正常，建议积极的备孕，在怀孕期间，由于不来月经，卵巢巧克力囊肿也有可能逐渐的萎缩。
如果卵巢巧克力囊肿的直径大于5cm，这种情况对卵巢的破坏能力相对比较大，影响排卵，就需要手术将卵巢巧克力囊肿切除，这样才能恢复正常的怀孕，可以选择腹腔镜微创手术，在身体的表面打3-4个洞，应用特殊的仪器将卵巢巧克力囊肿切除，对身体的损害性小恢复的快。