做核磁共振检查费用并不固定，所以根据不同部位以及检查的目的不一样，整体的收费会有所差别，一般单项检查在500-2000元。
核磁检查包括常规平扫、功能核磁检查和增强检查，常规平扫一个部位，一般费用在500-800元，功能核磁检查一个部位费用一般在700-1000元左右，而增强核磁检查，由于使用的造影剂不同，收费一般在1000-2000元不等。如果要同时检查身体好几个部位，比如头颅、腹部、关节等，则费用会明显升高。
此外，不同医院核磁检查费用也不同，一般一线城市的三甲医院核磁收费要明显高于非一线城市、低级别医院，具体费用还应咨询就诊的医院。
进行核磁检查前，需要将身上的金属物品全部取下，包括金属饰品、女性带金属扣的内衣等，带有心脏起搏器、电子耳蜗、胰岛素泵刺激器等金属仪器的人群，以及带有呼吸机、心电监测仪的人群，不能进行核磁共振检查。妊娠早期、患有幽闭空间恐惧症的人群，也应尽量避免做核磁共振检查。