正常形态精子百分率小于4%就可以诊断为畸形精子症。精子畸形率能达到99%，说明精子的形态畸形率偏高，正常受孕的机会明显地减少。引起畸形精子的原因在临床上有很多，有先天性的因素，也有后天的因素。
1、考虑的是不良的生活习惯，如吸烟、饮酒，香烟中的尼古丁以及白酒中的酒精都可以造成精子的畸形。
2、环境因素，睾丸长期处于一个高温的环境，如泡温水澡、久坐等。工作和生活中接触的环境有辐射和污染的情况或过多接触化学原料。
3、疾病因素，如在临床上最常见的附睾炎、严重的慢性前列腺炎以及严重的精索静脉曲张，都可以导致睾丸损伤出现精子畸形。
4、临床上特殊的病，服用特殊的药物，都可以造成精子畸形，如抗癌药。
5、有些患者是先天的染色体变异。
当精子畸形率能达到99%，一定要根据患者的实际情况确定病因，针对病因有一个具体的治疗。